事故をめぐっては、国の運輸安全委員会は最終報告書で、国の船舶検査を代行する日本小型船舶検査機構＝JCIが、事故直前の検査で目視のみでハッチに問題がないと判断したことや、国土交通省北海道運輸局が会社に行った監査などで問題を把握できなかったことに触れ、国の検査や監査の実効性に問題があったと指摘しています。
これついては「痛ましい事故が二度と起きることのないよう監査体制の強化や、抜き打ち監査の実施、通報窓口の設置などの対応を進めている。また、JCIでも、検査員への安全第一の意識改革の徹底や旅客船検査担当部署の設置などの体制の強化を進めている。国土交通省も関係職員が一丸となって、旅客船の安全確保に向けた国の責務を果たしていく」と述べました。